Пораскинем мозгами.
index.php корень
index1.php ветвь корня
1) Если в корень первоначально влить все стили и js и потом подгружать с помощью AJAX ветвь корня, то при входе на корень будут грузиться все js и css файлы (корень будет загружен), а ветвь корня в свою очередь будет грузиться быстрее т.к. нет их там.
2) Если сделать наоборот, то корень будет грузиться быстрее. А модальные окна уже медленнее.
Из области философии

Вообще много факторов играют роль.
Например рассмотрим либу jquery. Её вам нужно подключать в корне) Не будем же мы в модальных окнах её всегда подключать))
Пофилософствовал

Не ругайте строго. Русский выучу!))))
Идейка ваша у меня в проектах завалялась, но ещё + организация корзины. Все будет крутиться через 1 динамическую страницу. И вообще я в этом проекте разочаровался. Клиент выбирает Biatrix

))1с по русски сказать фигню наделала! Оторвать руки тому кто написал этот проект

P.S. "Тупит как лошадь. А людей вкатывает."